有機肥主要來源于動物，在為植物提供全面養分和改良土壤性能上有特殊功效。因其一般不含人工合成的化學物質，所以被認為是生產有機食品的惟一肥料，也是生產無公害農產品的*優質肥料。但在當前蔬菜生產中，人們往往因忽略有機肥處理或施用方法不當，給蔬菜生產及生態環境帶來了不利的影響。

科學施用有機肥
      有機肥在為蔬菜提供全面營養、刺激蔬菜生長、提高蔬菜抗旱耐澇能力、促進土壤微生物繁殖、改良土壤結構、增強土壤的保肥供肥及緩沖能力、提高肥料利用率等方面發揮著重要作用，因此科學施用有機肥在蔬菜生產中尤為重要。
      有機肥腐熟要充分。畜禽糞便、作物秸稈等有機廢棄物由于可能含有較多的病菌、蟲卵、草籽等，容易引起蔬菜病蟲害，另外也會通過蔬菜傳播一些對人類健康有害的疾病。再者，直接施用的有機廢棄物在田間會進一步發酵，與蔬菜根系爭奪氧氣，產生大量熱量，易引起燒苗。因此，提倡施用充分腐熟的有機肥，可*限度地避免上述有害現象的發生。如施用半腐熟有機肥應與根系保持一定距離。
   有機肥施用要適量。有機肥的*施用量應以滿足作物營養需要為標準。餅肥、雞糞等營養元素含量較高，基肥一次性施用量過大，易導致肥害，促進土壤硝化，增加蔬菜硝酸鹽含量。因此以雞糞為主的堆肥作基肥時，甜瓜、西瓜、番茄、豆類等少肥型蔬菜一般每畝施用不宜超過500公斤，黃瓜、茄子、辣椒等多肥型蔬菜一般每畝不宜超過1000公斤。
    有機肥施用要合理搭配。有機肥與有機肥、有機肥與化肥之間合理搭配施用，才能充分發揮肥料的緩效與速效相結合的優點，調控蔬菜生長與品質。如羊糞中養分含量在家畜糞便中*，分解速度較快，肥效較猛，為達到肥效平穩，應在羊糞中加入豬糞或牛糞混合施用；人糞尿是速效性有機肥，施用時應搭配粗的有機肥和磷、鉀肥。有些有機肥碳氮比很高，施用后土壤微生物與作物爭氮，引起氮素不足，則需配施適量的化學氮肥。有機肥配施磷肥有利于提高磷肥的肥效，有機肥與生物肥搭配施用也有利于提高肥效。